手術室凈化工程的設計難點主要體現在以下幾個方面：


　　空氣質量、溫濕度、氣流組織、照明等要求嚴格：醫院手術室對空氣質量、溫濕度、氣流組織、照明等都有很嚴格的要求，且須在各個方面進行設計。


　　需求差異大：各醫院的需求不同，手術室的使用部分也有差異，使得各手術室的凈化工程設計有自己的特點。


　　空間布局合理：設計還需要考慮空間的合理布局，既要保證醫護人員的方便，又要保證手術室內外的整潔。

　　氣流組織：如果手術室內的氣流不合理，就會導致潔凈區和污染區之間的空氣混合，從而影響手術室的無菌環境。