凈化手術室要想達到更好的使用效果，首先要保證手術室的空氣質量，控制凈化手術室的溫濕度。空氣過濾的原理是手術室的凈化空氣被進氣系統像活塞一樣擠入空氣中。空氣先經過粗濾器，再經過中濾器，再經過濾器，將潔凈空氣引入潔凈室，使潔凈室中的空氣粉塵顆粒能迅速達到相應潔凈室標準的要求，并污染潔凈室無塵室已排出。為了節約能源，排放的污染空氣經過回風。

凈化手術室工程的工作人員衣物要干凈。進出入人員應著裝干凈的工作服。施工機具設備應有明顯的承商標識。潔凈區內所有動力設備應以電力為主，不得以汽、柴油為動力，若有需要使用者先提出申請。壓縮空氣在樓宇內用于呼吸機和其他氣動設備的驅動氣源，也可供實驗室和檢驗室使用。其控制系統用于維持壓力的恒定，為使用終端提供0. 4-0.8MPo的壓力空氣。例如心臟、血管、人工關節置換等對手術室都有著無塵、無菌高度潔凈化要求。

 凈化手術室用高強度、低臭氧紫外線殺菌燈制成的空氣消毒器可進行人在條件下的空氣消毒。凈化手術室將定時裝置定在30分鐘，循環消毒室內空氣，即可達到消毒要求。凈化手術室的經濟性好，夏季溫度、濕度和相對濕度越低，冬季溫度越高，空氣處理能耗越大。